Все ниндзя имеют свои специализированные техники основыные на определенных школах Джуцу. В основе их всего три: тайдзюцу, ниндзюцу и гендзюцу. Но кроме этих специализаций есть еще и такие которые передаются наследственными путями ДНК, такие как шаринган и бьякуган.

Ниндзюцу (Ninjutsu)- техники которые требуют большое концентрирование чакры. В основном это боевые заклинания. Боевые "заклинания" ниндзя и прямое управление чакрой. Пример - Хенге по дзюцу (дзюцу превращения).

Гендзюцу (Genjutsu)- техники иллюзий, которые акцентированы на обмане врага. Предназначенны в основном для того чтобы вывести врага в растерянность и нанести врагу удар оттудова откудова он не ожидал . Насылание иллюзий и борьба с ними.

Тайдзюцу (Taijutsu)- техники рукопашного боя, которые обычно используют все ниндзя. Владея в совершенсте этим умением, противник просто не сможет устоять от серии приемов. Искусство ближнего боя без оружия.

*Также, ещё есть Фюиндзюцу (Fuuinjutsu), Доудзюцу (Doujutsu)-Особое строение глаз, позволяющее владельцу им видеть насквозь и легко одолевать все типы гендзюцу, тайдзюцу и ниндзюцу; и Киндзюцу (Kinjutsu)-Запретные Дзюцу, дзюцу, которые подвергают риску жизнь использующего или попросту бесчеловечны по своей природе. Пример - Дзююин (Проклятая Печать).